Les perturbations causées par les routes sur l'écologie et l'habitat vont bien au-delà du terrain qu'elles occupent et des habitats qu'elles perturbent. Les perturbations créées par le bruit, les vibrations et les lumières du trafic, par exemple, s'étendent sur une certaine distance, dérangeant les comportements animaux essentiels, tels que l'alimentation et la reproduction. En subdivisant le paysage en petits morceaux, les routes fragmentent aussi l'habitat et interrompent les mouvements essentiels de la faune. Si les par- celles entre les routes deviennent trop étroites, l'habitat peut devenir incapable de fournir les ressources nécessaires à la viabilité et à la résistance des populations sauvages.
La pollution de l'air a également des conséquences majeures sur le comportement de l'écosystème. Les émissions dues aux transports ont des effets cumulés et durables sur la fonction et la composition biologique des écosystèmes. L'ozone peut nuire aux écosystèmes des montagnes et des forêts sur de vastes zones. Les émissions de NOx donnent des pluies acides et des nutriments, que l'on soupçonne d'être responsables des modifications biologiques des écosystèmes terrestre et aquatique.
De façon plus générale, il est relativement impossible de trouver des interactions entre résidents d'une communauté dont les déplacements sont dominés par le véhicule privé, car lorsqu'ils quittent leur foyer, les gens s'isolent dans leur voiture. Cela peut conduire à une perte du sens de la communauté et de la cohésion sociale.
Les "effets de barrière" ne sont pas limités aux autoroutes. Les lignes de chemin de fer peuvent aussi diviser les communautés, surtout lorsqu'elles sont élevées pour éliminer la traversée des passages à niveau. Certaines communautés se sont opposées à des actions (telles que des fusions de chemins de fer et la construction de nouvelles lignes) pouvant accroître le nombre de trains de marchandises traversant ces communautés, même si cet accroissement peut entraîner une diminution du nombre des camions de marchandises sur les autoroutes.
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